南陽(yáng)市疾病預防控制中心是全供事業(yè)單位，設置辦公、人事保衛等公共科室4個(gè)，業(yè)務(wù)科室9個(gè)，具體包括：公衛監測科、傳染病科、寄生蟲(chóng)病科、免疫規劃科、性艾防治科、地方病科、職業(yè)病防治科、衛生檢測檢驗中心和健教與慢性病防治所。單位現有建筑總面積8600平方米，中心現有編制119人，在職人員153人，經(jīng)費實(shí)行全額預算管理。中心在職人員中，專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員99人（正高6人，副高18人，中級43人），占職工總數的67％；碩士11人，本科64人，占職工總數51％。

南陽(yáng)市疾控中心肩負著(zhù)全市1050多萬(wàn)人口的疾病預防控制工作，特別是作為國家“南水北調”中線(xiàn)工程的水源地，是河南省水質(zhì)監測工作的重點(diǎn)地區。承擔著(zhù)國家、省食品污染及有害因素監測、食源性疾病監測等檢測任務(wù)，是河南省食品安全風(fēng)險監測網(wǎng)絡(luò )重點(diǎn)實(shí)驗室。病源實(shí)驗室承擔著(zhù)全市各種常規、突發(fā)、新發(fā)傳染病檢測。目前中心實(shí)驗室建筑總面積2610平方米，包括理化實(shí)驗室870平方米，微生物與流病實(shí)驗室1740平方米，占單位建設總面積30.4%；中心現有萬(wàn)級潔凈實(shí)驗室2個(gè)，共40平方米，二級生物安全實(shí)驗室(BSL-2) 5個(gè)，共240平方米，PCR實(shí)驗室(4個(gè)分區)1套共80平方米。